1 、三峡又长又弯 没有堵塞水汽进出四川盆地
早在2006年夏至2007年春的四川、重庆大旱时，北京独立环境学者王红旗就在国内学术期刊上撰文称，三峡等水利工程改变了四川盆地的结构，从而导致了那场大旱。
王红旗为此提出了四川盆地的"木桶效应"--将四川盆地比喻为一个巨大的木桶，环绕四川盆地的山口、江河峡谷就是这个大木桶的一根根相对比较短的木条，是水汽进出的咽喉要道。而人为改变这些短木条的高度，例如修建水库大坝，势必改变四川盆地的结构，不可避免会导致气候发生明显变化。
不过，王红旗的"木桶效应"遭到很多水利、气候学者的质疑，被认为"毫无根据"。广东省气候中心研究员杜尧东认为，"木桶理论"一戳就破，"长江三峡是一条长达几百公里的七曲八拐的狭长通道，就算没有三峡大坝，江风也不可能从下吹到上，因为沿途的曲折与岸壁会造成风力损失，多大的强风也不会沿着三峡吹进四川盆地。"
时任国家气候中心气候影响评估室主任张强认为，那次大旱与全球变暖、大气环流异常等有关。
2 、三峡影响气候范围：争论很多观测资料很少
在由中国科学院与长江水资源保护科学研究所共同完成、国家环保局审查通过的《长江三峡水利枢纽环境影响报告书》称："三峡建库后对库区及邻近区域有一定影响，但是影响范围不大，对温度、湿度、风和雾的水平影响范围一般不超过10公里，水库附近表现最明显。"
这份影响报告书成稿于1992年，在19年之后的新一轮"三峡诱发长江干旱"争论中，众多有官方背景的学者依然坚持这一结论。
中国工程院院士、三峡工程阶段性评估专家组组长沈国舫认为称："通过对2003-2008年三峡蓄水后的研究，与蓄水之前对比是有变化的，这与当年三峡工程论证时的估计一致，比方说周围温度会略有升高，对风和湿度等也略有影响。"
不过，在"三峡影响范围有限"的观点中，影响范围也极具弹性，从几公里、10公里、数十公里到上百公里不等。
水利部应对气候变化研究中心教授王国庆认为，三峡水库对区域气候的可能影响范围从几公里到上百公里不等，主要取决于水库的形状和当地的局部地形。
国家气候中心的一位权威专家日前称，由于缺乏较长时间的观测资料，影响范围在10公里以内、20公里、几十公里、100公里以上的说法都是大致估计的，不能说谁对谁错。
3 、尚无数据表明三峡导致周边降水量明显变化
在分析三峡库区1961-2006年的逐日降水量、平均气温、最高气温、雾、雷等资料后，国家气候中心气候专家张强等认为，1961年以来，三峡库区干旱日数有微弱增加趋势。
该研究同时认为，1961年以来，三峡的年洪涝日数没有明显变化趋势，但阶段性变化明显，20世纪70年代洪涝较少，而20世纪80年代前期至21世纪初期则洪涝多发。
在另一项三峡库区气候变化的研究中，张强等人认为，尚未发现三峡蓄水后周边降水量有明显变化。但观测发现，三峡水库蓄水后近库地区的气温在冬季有增温效应，夏季有弱降温效应，但总体以增温为主。
同时，张强等人也认为，三峡工程的局部气候影响将是一个复杂、长期的气候调节过程， 目前的结论只是蓄水几年内的观测分析结果，"这一结果是否只是大背景气候变暖下库区升温的时间差，还是水域扩大造成的， 还有待更长时间的观测分析。"
然而，国家气候中心的研究发现，未来三峡库区的降雨量将增大，而不是减少，三峡库区未来极端气候事件可能会显著增加。
国家气候中心高级工程师廖要明等人的研究也证实，近年来，三峡库区夏季降水总体呈明显增多趋势。
4 、三峡截留泥沙致河床变深 下游湖泊难补江水
在"长江大旱与三峡关系"的争论中，人们更多从气候变化角度来谈，但一些水利学家提出另一个观点：从河床冲刷等角度看，可以认定"此次大旱与三峡工程有一定关系"。
中国水利水电科学研究院水力学所原所长刘树坤日前称，三峡出于多发电的考虑，导致放水量缩减，使得泥沙在大坝上游淤积，下泄的江水中泥沙含量偏低，致使下游河床被冲刷得比较厉害，水位降低。
长期监测三峡对气候影响状况的湖北省气象局武汉区域气候中心主任刘敏介绍，现在的手段和观测数据还没有依据显示三峡工程引发了长江中下游的旱情。
《长江三峡水利枢纽环境影响报告书》中，对三峡水库形成后的气候问题作了科学分析，基本结论是：三峡建库后，对库区及邻近区域温度、湿度、风和雾的影响范围一般不超过10公里。
三峡工程主要设计者、长江水利委员会总工程师、中国工程院院士郑守仁对“三峡诱发干旱论”作出回应说，不能一遇到极端气候就怪罪三峡工程。恰恰相反，若没有三峡工程，长江中下游的干旱程度将会加剧。
面对社会公众的质疑，负责三峡工程运行管理的中国长江三峡集团公司董事长曹广晶24日在接受新华社记者专访时说，对三峡工程要用历史的眼光来看待。三峡集团一直以一种开放的态度对待来自各个方面的建议、意见和批评。自三峡水库蓄水以来，三峡集团一直在采取措施，尽量降低三峡工程对生态方面的影响。
曹广晶说：“对待三峡工程既要全面客观评价，又要看大局。上游三峡水库移民的搬迁，是为了下游数十倍人民防洪的大局，为了整个国家的长治久安。随着工程的建设，有些改变是必然的，也是必须要付出的代价。世界上没有什么事情是完美的，关键是利弊权衡。现在出现的这些问题需要认真对待，但若是因此而否定三峡工程，那就错了。
据统计，经鄱阳湖注入长江的水量约是长江径流量的15.6%。长期以来，由于长江上游水量不足，清澈的湖水源源不断汇入浑浊的江中，保障了长江中下游的供水。
在九江湖口县鄱阳湖入江口处，仍能看到一条清晰的分界线，所不同的是：江水清而湖水浊。研究资料证明，江湖两色的反向变化恰好始于三峡运行之后。
因为三峡坝区截流以后，随着流动性减弱，大量泥沙沉降，透明度就会增加，其后果就是淡水赤潮更容易爆发。三峡建坝之后，泥沙的输送量减少，伴随泥沙而下的营养物质的天然循环的链条也被截断。比如说硅元素，对于近海的海洋生产就非常重要。如果缺少硅元素，赤潮和大型水母就更容易爆发。
2008年1月，鄱阳湖都昌水文站出现8.15米水位，创历史最低纪录。与此水位相对应的鄱阳湖湖面仅54平方公里，湖盆蓄水量1.53亿立方米，是1998年汛期历史最高水位22.42米时湖面面积的七十三分之一，对应蓄水量的二百一十五分之一。
江西方面认为，鄱阳湖流域降水和长江上游来水偏少是造成这一后果的主因，也有三峡水库2007年9月至10月蓄水的人为因素，由于三峡大坝的拦截，长江水位低于鄱阳湖水位，湖水大量外泄，如果不采取措施，中国最大的淡水湖可能就此成为历史的记忆。而三峡总公司方面随即回应称，江西的指责“没有道理”，鄱阳湖水位消涨不能简单地归因于三峡工程。
随着流域旱情和三峡蓄水的影响，江西省多年的鄱阳湖“筑坝之梦”被重新激发。2008年12月，江西省成立鄱阳湖水利枢纽工程领导小组，省长吴新雄亲任领导小组组长。
该枢纽的原方案是：在距长江27公里处的鄱阳湖北端，修筑一座长约2.8公里的混凝土大坝，提高鄱阳湖枯水季节水环境容量，达到供水（灌溉）、保护水生态环境、保护湿地、消灭钉螺、航运、旅游、发电以及水产等方面的综合效益。
2009年12月12日，国务院正式批复《鄱阳湖生态经济区域规划》，《规划》涉及鄱阳湖水利枢纽工程内容为两句话：做好水利枢纽前期工作，积极推动鄱阳湖水利枢纽各项工作。
《规划》获批后第三天，江西省政府召开鄱阳湖水利枢纽工程领导小组会议。省长吴新雄强调，鄱阳湖水利枢纽工程，是建设鄱阳湖生态经济区的“核心工程”。
对此，李建华认为，江西的做法同样是违背自然规律，人为干预水系生态的做法，是在用“三峡的手段”试图抵消三峡对鄱阳湖造成的负面影响。而来自国际生态领域的专家则担心，鄱阳湖筑坝会使长江中下游的水问题更加严重。“随着长江流域干支流各地抢水的加剧，今后武汉、南京壮阔的江面也许会变成一条水沟。”
