林忠旭的个人简介
所在城市：湖北武汉
所在院系： 植物科学技术学院
个人简介
林忠旭 出生年月: 1978.2 博士生导师、硕士生导师 开设课程： 植物生物技术 职称: 教授 研究方向： 棉花分子遗传与育种 学位: 农学博士 ，1996－2000年在华中农业大学植物科学技术学院作物遗传育种专业学习，获农学学士学位。2000－2005年在植物科学技术学院攻读作物遗传育种博士学位（硕博连读），于2005年毕业，获得农学博士学位。2005年毕业后留校执教，在作物遗传改良国家重点实验室棉花课题组进行研究工作，主要从事棉花分子标记的开发、遗传图谱构建、数量性状定位和棉花导入系的构建。
科学研究
主要从事棉花分子标记的相关工作，包括新型分子标记的开发、利用分子标记构建棉花遗传连锁图及重要性状的QTL定位。目前的研究内容有
（1）陆地棉导入系的构建。利用我们已经构建的高密度分子标记遗传图谱为辅助，从回交后代中筛选含有海岛棉片段的导入系。除此之外，利用四倍体棉花的半野生种达尔文棉、毛棉和黄褐棉作为供体，向陆地棉进行片段导入。利用这些导入系进行棉花重要经济性状QTL的精细定位及分子标记辅助育种。
（2）海岛棉种质进行遗传评价和应用。利用分子标记对海岛棉种质进行遗传多样性分析，根据聚类结果挑选优良的海岛棉材料与陆地棉进行杂交、回交，并通过分子标记的辅助选择挑选优良品系用于陆地棉的育种。同时，构建海岛棉的种内遗传图谱，对海岛棉的重要经济性状进行定位，辅助海岛棉育种。
（3）陆地棉重组自交系的遗传评价，借助于已经构建的陆地棉种内遗传图谱，利用多年多点的性状数据，对陆地棉的性状进行遗传剖析，获取稳定表现的QTL，并从中挑选优良品系
科研项目国家精品课程建设
《植物生物技术》精品课程建设省级教改项目：植物科学技术专业实验课教学模式改革与创新，2006-2008，主持国家自然科学基金：分子标记辅助选择构建棉花种间单片段代换系及其遗传评价,2007-2009，主持 973计划课题“棉纤维基因资源创制及品质性状遗传基础研究”，2005-2009，参加 863计划课题“棉花纤维性状功能基因的分子标记及功能基因的筛选鉴定”，2006-2010，参加 863子项目"转基因新技术开发及新品种选育",2007.01－2009.12,主持国家自然科学基金：海岛棉重要经济性状遗传基础的分子解析及其应用,2009-2011，主持
人物贡献
发明专利及获奖情况
（1）张献龙，林忠旭，聂以春，贺道华。一种棉花分子遗传连锁作图的方法。专利号：ZL03119012.X，2006年5月授权。
（2）林忠旭，《Linkage map construction and mapping QTL for cotton fiber quality using SRAP, SSR and RAPD》获湖北省第十一届自然科学优秀学术论文二等奖，2006年12月。
（3）林忠旭，《棉花分子标记遗传连锁图构建和产量、纤维品质相关性状定位》，华中农业大学优秀博士学位论文，2007年7月。
（4）2006年度、2007年度华中农业大学教学质量优秀三等奖。
（5）华中农业大学第八届青年教师讲课竞赛三等奖。
发表的论文及著作
2016年
1.Xinhui Nie, Cong Huang, Chunyuan You, Wu Li, Wenxia Zhao, Chao Shen, Beibei Zhang, Hantao Wang, Zhenhua Yan, Baoshen Dai, Maojun Wang, Xianlong Zhang and Zhongxu Lin*. Genome-wide SSR-based association mapping for fiber quality in nation-wide upland cotton inbreed cultivars in China. Nie et al. BMC Genomics (2016) 17:352
2.Yuling Liu, Renhai Peng, Fang Liu, Xingxing Wang, Xinglei Cui, Zhongli Zhou, Chunying Wang, Xiaoyan Cai, Yuhong Wang, Zhongxu Lin* and Kunbo Wang*. A Gossypium BAC clone contains key repeat components distinguishing sub-genome of allotetraploidy cottons. Molecular Cytogenetics (2016) 9:27
3.Baosheng Dai, Huanle Guo, Cong Huang, Xianlong Zhang and Zhongxu Lin*. Genomic heterozygosity and hybrid breakdown in cotton (Gossypium): different traits, different effects. BMC Genetics (2016) 17:58
4. Ximei Li, Xin Jin, Hantao Wang, Xianlong Zhang, and Zhongxu Lin*.Structure, evolution, and comparative genomics of tetraploid cotton based on a high-density genetic linkage map. DNA Res (2016) 23 (3): 283-293
2015年
1. Hantao Wang, Xin Jin, Beibei Zhang, Chao Shen and Zhongxu Lin*. Enrichment of an intraspecific genetic map of upland cotton by developing markers using parental RAD sequencing. DNA Research, 2015, 22(2), 147u2013160
2. Chen X, Jin X, Li X, Lin Z*. Genetic Mapping and Comparative Expression Analysis of Transcription Factors in Cotton. PLoS ONE, 2015, 10(5): e0126150. doi:10.1371/journal.pone.0126150
3. Hantao Wang, Cong Huang, Huanle Guo, Ximei Li, Wenxia Zhao, Baosheng Dai, Zhenhua Yan, Zhongxu Lin*. QTL Mapping for Fiber and Yield Traits in Upland Cotton under Multiple Environments. PLoS One. 2015, 10(6): e0130742. doi: 10.1371/journal.pone.0130742
4. Said JI, Song M, Wang H, Lin Z, Zhang X, Fang DD, Zhang J. A comparative meta-analysis of QTL between intraspecific Gossypium hirsutum and interspecific G. hirsutum × G. barbadense populations. Mol Genet Genomics, 2015, 290:1003u20131025
5. 聂新辉，尤春源，鲍健，李晓方，惠慧，刘洪亮，秦江鸿，林忠旭*。基于关联分析的新陆早棉花品种农艺和纤维品质性状优异等位基因挖掘。中国农业科学 2015, 48(15): 2891-2910
6. Nie X, Tu J, Wang B, Zhou X*, Lin Z*. A BIL Population Derived from G. hirsutum and G. barbadense Provides a Resource for Cotton Genetics and Breeding. PLoS One. 2015 Oct 30;10(10):e0141064.
2014年
1.Hantao Wang, Ximei Li, Wenhui Gao, Xin Jin, Xianlong Zhang, Zhongxu Lin*. Comparison and development of ESTu2013SSRs from two 454 sequencing libraries of Gossypium barbadense. Euphytica, 2014, 198:277u2013288.
2.J.L. Tu, M.J. Zhang, X.Q. Wang, X.L. Zhang and Z.X. Lin*. Genetic dissection of upland cotton (Gossypium hirsutum) cultivars developed in Hubei Province by mapped SSRs. Genet. Mol. Res. 2014, 13 (1): 782-790
3.尤春源，聂新辉，张胜，郭欢乐，王夏青，林忠旭*。新疆彩色棉23个品种指纹图谱的构建及遗传多样性分析。棉花学报，2014，26，（2）：161-170。
4. Gaofeng Ren, Ximei Li, Zhongxu Lin*. Mining, genetic mapping and expression analysis of EST-derived resistance gene homologs (RGHs) in cotton. BMC Plant Biology 2014, 14:203
5.聂新辉，尤春源，李晓方，秦江鸿，黄聪，郭欢乐，王夏青，赵文霞，林忠旭*。新陆早棉花品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析。作物学报，2014，40 (12): 2104-2117
6.Ximei Li, Wenhui Gao, Huanle Guo, Xianlong Zhang, David D Fang and Zhongxu Lin*. Development of EST-based SNP and InDel markers and their utilization in tetraploid cotton genetic mapping. BMC Genomics 2014, 15: 1046
7.CHUANXIANG LIU, DAOJUN YUAN, ZHONGXU LIN*. Construction of an EST-SSR-based interspecific transcriptome linkage map of fibre development in cotton. Journal of Genetics, 2014, 93, 3, 689-697
2013年
1.Muhammad Mahmood Ahmed, Huanle Guo, Cong Huang, Xianlong Zhang and Zhongxu Lin*. Selection of core SSR markers for fingerprinting upland cotton cultivars and hybrids. AJCS, 2013, 7(12):1912-1920.
2.Xuemei Chen, Wenhui Gao, Jinfa Zhang, Xianlong Zhang and Zhongxu Lin*. Linkage mapping and expression analysis of miRNAs and their target genes during fiber development in cotton. BMC Genomics 2013, 14:706.
3.X.Q. Wang, Y. Yu, W. Li, H.L. Guo, Z.X. Lin*, X.L. Zhang. Association analysis of yield and fiber quality traits in Gossypium barbadense with SSRs and SRAPs. Genet Mol Res, 2013, 12 (3): 3353 u2013 3362.
4.Liu C., Yuan D., Zhang X. and Lin Z*. Isolation, characterization and mapping of genes differentially expressed during fibre development between Gossypium hirsutum and G. barbadense by cDNA-SRAP. J Genet, 2013, 92, 175u2013181.
5.Xiaqing Wang, Yu Yu, Jian Sang, Qingzhang Wu, Xianlong Zhang, Zhongxu Lin*. Intraspecific linkage map construction and QTL mapping of yield and fiber quality of Gossypium babardense. AJCS, 2013, 7(9):1252-1261.
6.Li X, Yuan D, Zhang J, Lin Z*, Zhang X. Genetic Mapping and Characteristics of Genes Specifically or Preferentially Expressed during Fiber Development in Cotton. PLoS ONE, 2013, 8(1): e54444.
2012年
1.Bin Wang, Yichun Nie, Zhongxu Lin*, Xianlong Zhang, Junjie Liu and Jing Bai. Molecular diversity, genomic constitution, and QTL mapping of fiber quality by mapped SSRs in introgression lines derived from Gossypium hirsutum × G. darwinii Watt. TAG, 2012, 125:1263-1274.
2.Zhongxu Lin, Ying Wang, Xianlong Zhang & Jinfa Zhang. Functional Markers for Cellulose Synthase and Their Comparison to SSRs in Cotton. Plant Mol Biol Rep, 2012, 30:1270u20131275.
3.Ximei Li, Daojun Yuan, Hantao Wang, Xuemei Chen, Bin Wang, Zhongxu Lin*, Xianlong Zhang. Increasing cotton genome coverage with polymorphic SSRs as revealed by SSCP. Genome, 2012, 55(6): 459-470.
4.Xiaqing Wang, Gaofeng Ren, Ximei Li, Jianli Tu, Zhongxu Lin* and Xianlong Zhang. Development and Evaluation of Intron and Insertionu2013Deletion Markers for Gossypium barbadense. Plant Mol Biol Rep, 2012, 30 (3), 605-613.
5.Yu Yu, Zhongxu Lin* and Xianlong Zhang. Genome-wide identification of recombination rates of male versus female gametes in inter-specific population of cotton. Pak J Bot, 2012, 44(2): 521-529. (IF=0.872)
6.Chuanxiang Liu, Zhongxu Lin* and Xianlong Zhang. Unbiased genomic distribution of genes related to cell morphogenesis in cotton by chromosome mapping. Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC), 2012, 108 (3), 529-534.
2011年
1.X.Q. Wang, C.H. Feng, Z.X. Lin* and X.L. Zhang. Genetic diversity of sea-island cotton (Gossypium barbadense) revealed by mapped SSRs. Genet Mol Res, 2011, 10 (4): 3620-3631
2.Yu Y, Yuan DJ, Liang SG, Li XM, Wang XQ, Lin ZX*, Zhang XL. Genome structure of cotton revealed by a genome-wide SSR genetic map constructed from a BC1 population between Gossypium hirsutum and G. barbadense. BMC Genomics, 2011, 12:15
2010年
1.余渝，张艳欣，林忠旭*，张献龙。棉花种间BC1群体偏分离的遗传剖析。作物学报，2010，36 (10): 1657-1665
2.Zhongxu LIN, Daojun YUAN, Xianlong ZHANG. Mapped SSR markers unevenly distributed on the cotton chromosomes. Front. Agric. China, 2010, 4(3): 257u2013264
2009年
1.林忠旭，冯常辉，郭小平，张献龙。陆地棉产量、品质相关性状主效QTL和上位性互作分析。中国农业科学，2009，42（9）：3036－3047
2.余 渝，王夏青，冯常辉，林忠旭*，张献龙。棉花纤维特异/优势表达基因的染色体定位。棉花学报，2009，20（6）：435－441.
3.张培培，王夏青，余杨（三人皆为2009届本科毕业生），余渝，林忠旭*，张献龙。首批海岛棉基因组来源的微卫星标记的分离、评价和定位。作物学报，2009，35（6）：1013－1020
4.Zhongxu Lin, Yanxin Zhang, Xianlong Zhang and Xiaoping Guo. A high-density integrative linkage map for Gossypium hirsutum. Euphytica, 2009, 166:35u201345
2008年
1.LIN Zhong-xu, WANG Jin-feng（王锦峰，2006届毕业生）, ZHANG Xian-long. Characteristics of Gossypium thurberi and G. anomalum introgression lines of G. hirsutum revealed by EST-SSR and gSSR. Cotton science, 2008, 20(4):243-248
2.余 渝，王志伟，冯常辉，张艳欣，林忠旭*，张献龙。草棉EST-SSRs的遗传评价。作物学报，2008，34 (12): 2085-2091。
3.李武，倪薇（2007届毕业生），林忠旭*， 张献龙。海岛棉遗传多样性的SRAP标记分析。作物学报，2008，34（5）：893－898
2007年
1.ZHANG Yanxin, LIN Zhongxu*, LI Wu, TU Lili, NIE Yichun, ZHANG Xianlong. Studies of new EST-SSRs derived from Gossypium barbadense. Chinese Science Bulletin, 2007, 52 (18): 2522-2531.
2005年
1.Z. Lin, D. He, X. Zhang, Y. Nie, X. Guo, C. Feng, and J. McD. Stewart. Linkage map construction and mapping QTL for cotton fiber quality using SRAP, SSR and RAPD. Plant Breeding, 2005, 124 (2): 180-187.
2004年
1.林忠旭，张献龙，聂以春．新型标记SRAP在棉花F2分离群体及遗传多样性评价中的适应性分析．遗传学报，2004，31（6）：622－626。
2003年
1.LIN Zhongxu, ZHANG Xianlong, NIE Yichun, HE Daohua & WU Maoqing. Construction of a genetic linkage map for cotton based on SRAP. Chinese Science Bulletin, 2003, 48 (19): 2063－2067.
